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虽然通过比较基因组的方法可以很容易的建立生物的代谢网络，但是，由于不同生物之间的分子在进化的保守性方面任然存在一定的差异，所以，通过比较基因组构建的调控网络存在一定的局限性。最近由于实验技术的发展，大量的有关转录调控网络的实验数据不断产生，加上以往人们对转录调控网络的经典认识，使构建基因组范围的转录调控网络成为可能。大规模的转录调控网络的构建可以在以往生物信息的分析结果基础上进行“修改”，加上整个网络对环境的反应等新的信息。还可以和基因组水平的代谢模型整合在一起构建既有代谢又有调控的细胞模型。
现在有三种类型的细胞内的生化反应网络正在构建，分别是代谢、转录调控和信号转导网络。最后，这三个网络将整合到一起，构成一个微生物的整体的细胞模型。
通过基因组信息构建的代谢模型对研究基础生物学中的进化适应、工业微生物中的微生物菌株的设计都起了很显著的作用。
这篇综述文章比较了建立代谢网络和转录调控网络的不同点，讨论了将它们结合起来方法。对于转录调控网络，它的基本单元是启动子和转录调控因子，但是，由于它们作用方式的复杂性，转录调控网络也会比代谢网络更加复杂。
参考文献：
Markus J Herrgard , Markus W Covert and Bernhard Palsson （2004）Reconstruction of microbial transcriptional regulatory networks. Current Opinion in Biotechnology, Volume 15, Issue 1 , February 2004, Pages 70-77, doi:10.1016/j.copbio.2003.11.002