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基因组并不是基因的随机拼凑，其中有有些DNA片段在基因的成分或编码功能上与别的区域有很大的不同，它们被称为基因组岛屿（Genomic islands），它们被可能是基因组的“外来居民”，即通过基因水平转移（horizontal gene transfer, HGT）的方式进入基因组。这篇论文介绍了一种鉴别基因组“外来居民”的方法。
微生物基因组中的“外来居民”的比例有多有少，有些基因组存在多于20％的“外来居民”，有多种方法用于鉴别出这些居民，如根据这些外来基因在密码子、氨基酸成分的组成不同，或根据构建系统进化树的方法等等，但可能每种方法都有其不足，每种方法只能找到一部分的外来基因。通过基因水平转移得来的基因片段具有一定的长度，所以，外来的基因很可能是成簇排列，这已经有了一些生物学证据，比如说与病原相关的基因簇通常成簇排列形成“岛屿”，在非致病菌中也存在一些大的基因岛屿。
这篇文章预测基因岛的基本原理是：在亲缘关系很近的物种中，他们的密码子使用频率是相近的。
参考文献：
Rainer Merkl
SIGI: Score-based identification of genomic islands.
BMC Bioinformatics 2004, 5:22
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/5/22/abstract/