由长末端重复反转座子的结构得到的启示--水稻基因组近代的快速丢失

这篇文章考察了水稻中11个家族的低和中等拷贝数的长末端重复反转座子（low- and middle-copy-number long terminal repeat (LTR) retrotransposons），通过对它们进行序列同源性以及结构特点的分析，发现这11个家族，共含有1000个左右的“单元”，每个家族的单元拷贝数最小的只有1个，最大的有278个。只有少于四分之一的单元是完整的，其他的都是一些各种各样被截断的片段。这个结果暗示，非均等的同源重组（unequal homologous recombination）以及“异常重组”（illegitimate recombination）在长末端重复反转座子的切除过程中起了很大的作用。

进一步的研究发现，水稻中大部分的长末端重复反转座子都是在少于8百万年前插入到其基因组中的，但现在，它们已经丢失了多于三分之二的编码序列。

参考文献：
Jianxin Ma, Katrien M. Devos and Jeffrey L. Bennetzen.
Analyses of LTR-Retrotransposon Structures Reveal Recent and Rapid Genomic DNA Loss in Rice.
Published online before print April 12, 2004, 10.1101/gr.1466204
Genome Research 14:860-869, 2004
http://www.genome.org/cgi/doi/10.1101/gr.1466204