BioBuilder：一个新的蛋白质功能注释以及数据库整合的平台

随着大量蛋白质组数据的大量产生，如何将它们与已有的蛋白质的注释信息整合起来，建立一个可以包含各种格式的文件并能有效对他们进行管理的系统，是一个富有挑战性的工作。

  本文介绍了一个刚开发出来的系统BioBuilder，它能让生物学家快速的建立自己的个性化数据库，把各种试验里的信息整合进去。数据的输入，检索和编辑都能通过一个网络浏览器方便的进行，使不是很懂计算机的生物工作者都很很方便的操作。这些数据可以通过XML-RPC网络服务或者是蛋白质标准原始互作数据格式（proteomics standards initiative molecular interaction (PSI-MI)）进行操作。BioBuilder已经成功地运用到构建一个人蛋白数据库的工程中，即Human Protein Reference Database (HPRD)。

参考文献：
1.
J Daniel Navarro* 1, 2 , Naveen Talreja* 4 , Suraj Peri1, 3 , BM Vrushabendra4 , BP Rashmi4 , N Padma4 , Vineeth Surendranath4 , Chandra Kiran Jonnalagadda4 , PS Kousthub4 , Nandan Deshpande4 , K Shanker4  and Akhilesh Pandey1 .
BioBuilder as a database development and functional annotation platform for proteins.
BMC Bioinformatics 2004, 5:43 (published 20 April 2004)
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/5/43/abstract

2.
Human Protein Reference Database [http://www.hprd.org]

3.
Peri S, Navarro JD, Amanchy R, Kristiansen TZ, Jonnalagadda CK,
Surendranath V, Niranjan V, Muthusamy B, Gandhi TK, Gronborg M,
Ibarrola N, Deshpande N, Shanker K, Shivashankar HN, Rashmi BP,
Ramya MA, Zhao Z, Chandrika KN, Padma N, Harsha HC, Yatish AJ,
Kavitha MP, Menezes M, Choudhury DR, Suresh S, Ghosh N, Saravana
R, Chandran S, Krishna S, Joy M, Anand SK, Madavan V, Joseph A,
Wong GW, Schiemann WP, Constantinescu SN, Huang L, Khosravi-
Far R, Steen H, Tewari M, Ghaffari S, Blobe GC, Dang CV, Garcia JG,
Pevsner J, Jensen ON, Roepstorff P, Deshpande KS, Chinnaiyan AM,
Hamosh A, Chakravarti A, Pandey A:
Development of Human Protein Reference Database as an initial platform for
approaching systems biology in humans.
Genome Res 2003,13:2363-2371.