一个搜索转录因子结合位点的软件

  这篇文章开发了一个新的软件用于搜索基因组中的转录因子结合位点（TFBSs）。这个软件基于隐马尔可夫链模型（hidden Markov models ） ，用来自TRANSFAC和JASPAR数据库的序列比对信息构建了1079个TFBS的模型，然后用这些模型去扫描人、小鼠、果蝇、线虫以及酵母的基因组。软件使用的结果是，与其他几种功能类似的软件相比，此软件具有更高的专一性和敏感性。另外、与基于核苷酸权重矩阵（nucleotide weight matrix）的方法相比，基于隐马尔可夫链模型的方法具有优越性。

  此软件在网上可以得到，网址为http://mapper.chip.org，另外，与本文相关的一些资源的网址如下：
SR Eddy: HMMER User's Guide: Biological sequence analysis using profile hidden Markov models. 2003, [http://hmmer.wustl.edu].
JASPAR Sites Download [http://jaspar.cgb.ki.se/DOWNLOAD/SITES/]
MEME/MAST Download [http://meme.sdsc.edu/meme/website/meme-download.html]

参考文献：
Voichita D Marinescu,Isaac S Kohane,Alberto Riva.
MAPPER: a search engine for the computational identification of putative transcription factor binding sites in multiple genomes.
BMC Bioinformatics 2005, 6:79 doi:10.1186/1471-2105-6-79
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/6/79